“密教四部”是密教修法的四个阶段，也反应了密教发展的四个阶段。“密教四部”分别是事部、行部、瑜伽部、无上瑜伽部。
事部即杂密，亦称作密，主要修无相瑜伽，即妄以明空性之理，常（诸行无常）我（诸法无我）的色彩尚不浓。其仪式常聚佛，菩萨，神，鬼于一堂，尚未有胎藏界等的严密组织。虽结坛城，重设供，诵咒，结印契，重于事相，但尚未及作观想。
行部也称修密，此部以《大日经》为主要经典，以《大日经》住心品中的“菩萨心为因，大悲为根本，方便为究竟”三句为根本。又讲十缘生（一幻，二阳炎，三梦，四影，五乾达婆城，六响，七水月，八浮浪，九虚空花，十旋火轮。以上十缘生皆为从缘生无自性之义，真言行人修瑜伽时，于所现之本尊海会生著相，魔即得便，是故以此十喻观无性生而不执著也），颇类似于般若经的性空之说，但在“菩提心”的心中，已带有常我的色彩。以大悲为本，以随机的方便而度众生，表现了大乘佛教的特色。
瑜伽部配合行部的“方便为究竟”而融摄世俗，故以作在家相（天人相）的大日如来为其中心，以金刚手等为其守翼，出家相的释迦摩尼及二乘圣者，被置于外围，此于胎藏界及金刚界的曼荼罗即可明白。
无上瑜伽部是密法的最高阶段，此法修成，便是即身成就的“佛”。所以西藏黄教视无上瑜伽为最难修持的密法，没有数十年的苦修是不成就的。无上瑜伽部的最大特点是利用女性作“乐”空双运的男女双身修法，在男女媾交中去悟空性，是以欲制欲，以染而达净的修法，没有“根器”的僧人，阿梨是不传授的。无上瑜伽，也即是世俗化的大方便的实际行动。
